Společnost Synthon s.r.o. v České republice je plně integrovaná pobočka Synthonu, která se věnuje výzkumu, vývoji a výrobě API (aktivní léčivé substance). Hlavními aktivitami pobočky jsou chemický a analytický výzkum a vývoj, pilotní poloprovoz a komerční výrobní provoz. Výrobní zařízení jsou přizpůsobena pro nakládání s látkami s nejvyšším rizikem expozice (OEB), což umožňuje práci s vysoce účinnými aktivními léčivými látkami.
Společnost Synthon s.r.o. je držitelem certifikátů ISO14001 a OHSAS18001. Z regulačního hlediska jsou prioritami plné schválení SVP českými zdravotními úřady (SÚKL) a americkým úřadem FDA a také akreditace od japonských zdravotních úřadů. Pobočka má přibližně 250 zaměstnanců a zpracovává více než 30 různých aktivních léčivých látek.